Repository Organization

Below is the repository folder tree organization. To regenerate this tree, run the following command from the root of the repository:

# On macOS/Linux
tree -I '_build|__pycache__|*.pyc|.git|.DS_Store' > SlicerCART/docs/repository_tree.txt

# On Windows (using PowerShell)
Get-ChildItem -Recurse | Where-Object { $_.FullName -notmatch ' (_build|__pycache__|\.pyc|\.git|\.DS_Store)' } | ForEach-Object { $_.FullName.Replace($PWD, '') } | Out-File SlicerCART/docs/repository_tree.txt

.
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
├── SlicerCART
│   ├── docs
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── SlicerCART.rst
│   │   ├── _static
│   │   │   ├── custom.css
│   │   │   └── images
│   │   │       ├── class_diagram.png
│   │   │       ├── class_diagram.svg
│   │   │       ├── classification_example.png
│   │   │       ├── continue_segmentation.png
│   │   │       ├── correction.png
│   │   │       ├── developer_mode.png
│   │   │       ├── example_loading_cases_ui.png
│   │   │       ├── example_restart.png
│   │   │       ├── example_slicercart.png
│   │   │       ├── folder_and_name_to_use.png
│   │   │       ├── label_selection.png
│   │   │       ├── label_validation.png
│   │   │       ├── launching.png
│   │   │       ├── module_filepath.png
│   │   │       ├── module_path_adding.png
│   │   │       ├── overview.png
│   │   │       ├── perform_segmentation.png
│   │   │       ├── save_segmentation.png
│   │   │       ├── select_configuration_module.png
│   │   │       ├── select_configuration_popup.png
│   │   │       ├── select_output_folder.png
│   │   │       ├── select_volume_to_segment.png
│   │   │       ├── slicer_viewer.png
│   │   │       ├── start_segmentation.png
│   │   │       ├── user_interface.png
│   │   │       └── workflow.png
│   │   ├── _templates
│   │   ├── api
│   │   │   └── index.rst
│   │   ├── api_reference
│   │   │   └── index.rst
│   │   ├── architecture.rst
│   │   ├── changelog.rst
│   │   ├── class_organization.rst
│   │   ├── combine_dot_files.rst
│   │   ├── conf.py
│   │   ├── contributing.rst
│   │   ├── developer_guide
│   │   │   └── index.rst
│   │   ├── functionalities.rst
│   │   ├── index.rst
│   │   ├── installation.rst
│   │   ├── make.bat
│   │   ├── modules.rst
│   │   ├── purpose.rst
│   │   ├── quickstart.rst
│   │   ├── repository_organization.rst
│   │   ├── repository_tree.txt
│   │   ├── requirements.txt
│   │   ├── scripts.rst
│   │   ├── user_guide
│   │   │   ├── configuration.rst
│   │   │   ├── getting_started.rst
│   │   │   └── index.rst
│   │   ├── userguide.rst
│   │   ├── utils.rst
│   │   └── videotutorials.rst
│   ├── documentation
│   │   ├── functionalities.md
│   │   ├── images
│   │   │   ├── continue_segmentation.png
│   │   │   ├── example_loading_cases_ui.png
│   │   │   ├── example_restart.png
│   │   │   ├── example_slicercart.png
│   │   │   ├── folder_and_name_to_use.png
│   │   │   ├── module_filepath.png
│   │   │   ├── module_path_adding.png
│   │   │   ├── perform_segmentation.png
│   │   │   ├── save_segmentation.png
│   │   │   ├── select_configuration_module.png
│   │   │   ├── select_configuration_popup.png
│   │   │   ├── select_output_folder.png
│   │   │   ├── select_volume_to_segment.png
│   │   │   ├── slicer_viewer.png
│   │   │   └── start_segmentation.png
│   │   ├── installation.md
│   │   ├── purpose.md
│   │   ├── quickstart.md
│   │   ├── userguide.md
│   │   ├── videotutorials.md
│   │   └── welcome.md
│   ├── generate_documentation.sh
│   └── src
│       ├── CMakeLists.txt
│       ├── Resources
│       │   ├── Icons
│       │   │   └── SlicerCART.png
│       │   └── UI
│       │       └── SlicerCART.ui
│       ├── SlicerCART.py
│       ├── classes_Scripts.dot
│       ├── classes_SlicerCART.dot
│       ├── classes_Utils.dot
│       ├── combine_dot_files.py
│       ├── configuration_config.yml
│       ├── general
│       ├── packages_Scripts.dot
│       ├── packages_Utils.dot
│       ├── scripts
│       │   ├── CompareSegmentVersionsWindow.py
│       │   ├── CustomInteractorStyle.py
│       │   ├── InteractingClasses.py
│       │   ├── LoadClassificationWindow.py
│       │   ├── LoadSegmentationWindow.py
│       │   ├── OptionalMethods.py
│       │   ├── ShowSegmentVersionLegendWindow.py
│       │   ├── SlicerCARTLogic.py
│       │   ├── SlicerCARTTest.py
│       │   ├── Timer.py
│       │   ├── WorkFiles.py
│       │   └── __init__.py
│       └── utils
│           ├── ConfigPath.py
│           ├── UITheme.py
│           ├── UserPath.py
│           ├── __init__.py
│           ├── constants.py
│           ├── debugging_helpers.py
│           ├── development_helpers.py
│           ├── install_python_packages.py
│           └── requirements.py
├── scope_of_development.md
└── workflow_example.md

19 directories, 115 files

This documentation was last updated on June 10, 2025.